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高內(nèi)涵——更快更高的斑馬魚成像與分析方案

閱讀:867      發(fā)布時間:2019-6-10
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斑馬魚是一種廣泛使用于科研與藥物研發(fā)的模型系統(tǒng),由于其與人類疾病表型的相似性而廣受歡迎。許多基于成像的實驗可用來測定斑馬魚的表型變化,但是圖像的手動采集和分析非常繁瑣且耗時。這些過程的自動化會大大提高通量及數(shù)據(jù)質(zhì)量。在這里,我們展示了Operetta CLS™和Opera Phenix™如何進(jìn)行高通量的斑馬魚的成像和表型分析、篩選,使您能夠?qū)W⒂跀?shù)據(jù)評估而不是數(shù)據(jù)生成。

自動檢測高分辨率圖像-輕松鎖定斑馬魚

用普通顯微鏡對96孔板中的斑馬魚進(jìn)行定位與成像非常耗時的。Harmony® 高含量分析軟件融合了PreciScan™智能圖像采集工具,集成低倍率預(yù)掃描工作流程,圖像分析,更高的放大倍率重新掃描,可*實現(xiàn)自動化,以減少采集時間和無效的數(shù)據(jù)量,并顯著加快分析速度。斑馬魚的明場成像,通過PhenoLOGIC™ 人工智能使圖像分割變得容易(圖1和圖2)。

通過機(jī)器自學(xué)習(xí)在微孔板中自動檢測斑馬魚

通過智能圖像識別提高檢測通量

通過自動水浸鏡頭獲取高分辨率共聚焦圖像

使用Harmony® 成像和分析軟件簡化與流程化圖像分析

圖1:自動定位:使用Harmony中的PhenoLOGIC功能對斑馬魚自動定位。A-5X明場預(yù)掃描。B-PhenoLOGIC經(jīng)過鼠標(biāo)點擊培訓(xùn)區(qū)分魚(綠點)和背景(紅點)C-以PhenoLOGIC為基礎(chǔ)的魚類識別,使用形狀進(jìn)一步優(yōu)化,過濾去除較小的錯誤識別的地區(qū)。

圖2:PreciScan預(yù)掃描定位下一步高倍鏡掃描的區(qū)域

以20x(1.0 NA水浸鏡頭)掃描預(yù)掃描的定位區(qū)域。Z軸共聚焦50層的大投影。700張圖像的采集時間<2分鐘。自動檢測和采集意味著無人值守。

表型的自動量化

分析基因表達(dá)模式

圖3:表達(dá)CFP,GFP,YFP和mCherry標(biāo)記蛋白的斑馬魚。樣品由維也納CCRI提供。

自動準(zhǔn)確地確定形態(tài)特征

Harmony® 成像與分析軟件可以輕松檢測熒光強度,形態(tài)和紋理的變化。示例(圖4)顯示單個熒光染料可用于識別不同的身體部分。根據(jù)寬度識別頭部與脊柱。等效橢圓用于描述脊柱的形狀并估計其曲率。尾軸(圖5)以類似的方式,自動檢測尾部曲率。

 圖4:單一熒光染料,計算確定斑馬魚頭部/尾部比例

 圖5:尾軸的自動檢測。

在3D圖像中,依舊看到細(xì)節(jié)

Harmony軟件提供了3D圖像的可視化樣品的工具, Opera Phenix和Operetta CLS高內(nèi)涵分析系統(tǒng)提供從1.25x到63x的各種放大倍數(shù),63x并配備自動水浸鏡頭,提高靈敏度,減少深層樣本成像中的光學(xué)畸變。

圖6:斑馬魚尾部血管3D重構(gòu)

圖7:表達(dá)GFP和RFP的個體紅細(xì)胞


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