離子色譜的分離機理主要是離子交換，有3種分離方式：離子交換色譜（HPIC）、離子排斥色譜（HPIEC）和離子對色譜（MPIC）。用于3種分離方式的柱填料的樹脂骨架基本都是苯乙烯-二乙烯基苯的共聚物，但樹脂的離子交換功能基和容量各不相同。HPIC用低容量的離子交換樹脂，離子色譜用高容量的樹脂，MPIC用不含離子交換基團的多孔樹脂。離子對色譜的主要分離機理是吸附與分配。固定相常用的低極性的十八烷基或八烷基鍵合硅膠。通過在流動相中加入一種與溶質離子帶相反電荷的離子對試劑，使之與溶質離子形成中性的疏水性化合物。離子色譜基本上可采用通常的反相液相色譜的分離體系。
　　
　　離子色譜的分析原理決定了它的淋洗液一般是酸、堿、鹽或絡合物的水溶液，因此整個輸液系統(tǒng)必須耐酸、堿，在整個流路系統(tǒng)中必須考慮使用非金屬材料，這就是與液相色譜金屬輸液系統(tǒng)明顯的不同點。首先淋洗液儲液瓶，儲液瓶一般采用“HDPE”(中文名稱為高密度聚乙烯）材料組成，該瓶必須具有一定的耐壓防爆能力以及良好的耐化學藥品性。在色譜的流路系統(tǒng)中盡可能采用上述材料的儲液瓶，盡量少用玻璃瓶，基本上不使用聚氯乙烯材料制成的儲液瓶，因為聚氯乙烯塑料瓶在使用過程中會溶解出微量的C1-，特別在痕量分析過程中會干擾C1-的分析。離子色譜的檢測器分為兩大類，即電化學檢測器和光學檢測器。隨著色譜的廣泛應用，色譜的檢測技術已由單一的化學抑制型電導法發(fā)展為包括電化學光化學和與其他多種分析儀器聯(lián)用的方法。
　　
　　離子色譜的優(yōu)點
　　
　　1、快速、方便：一般而言，IC分析一個樣品平均只需約10min。對幾種常見陰離子和陽離子的平均分析時間可小于8min。
　　
　　2、靈敏度高：離子色譜分析的濃度范圍為幾μg／L（1～10μg／L）至數(shù)百mg／L。直接進樣（25μL），電導檢測，對常見陰離子的檢出限小于10μg／L。
　　
　　3、選擇性好：IC法分析無機和有機陰、陽離子的選擇性可通過選擇恰當?shù)姆蛛x方式、分離柱和檢測方法來達到。
　　
　　4、多離子同時分析：在20min左右時間內，實現(xiàn)10個以上離子的同時分離已是一件很容易的事。含量相差數(shù)百倍或上千倍的不同離子也可一次進樣同時定量。
　　
　　5、分離柱的穩(wěn)定性好：IC柱填料的高pH值穩(wěn)定性允許用強酸或強堿作淋洗液，有利于擴大應用范圍。