原子吸收分光光度法是基于基態原子對共振光的吸收：而原子熒光光度是處于激發態原子向基態躍遷，并以光輻射形式失去能量而回到基態。
而且這個激發態是基態原子對共振光吸收而躍遷得來的。因此，原子熒光包含了兩個過程：吸收和發射。
色散系統：較之原子吸收熒光譜線更少，光譜干擾也少，所以可以用低分辨力的分光系統甚至于非色散系統。
光學排列：對于原子吸收，檢測器必須觀察初級光源（HCL），因為需要測量的是原子對光源特征輻射的吸收；而原子熒光的光學排列與原子吸收不同，往往要避開初級光源的直接射入，而以一定角度去觀察原子化器，測定其向2pi立體角輻射的熒光。在有的資料上可以看到right angle view(直角觀察)和front view(正面觀察)這樣的光學排列。
大多數AFS分析的元素，原子吸收都很難做，所以有人稱其為原子吸收的好朋友，原子吸收的補充。
原子熒光和原子吸收都是光譜，原理稍微有些不同。原子熒光的特長是測量As，Se，Hg等一些過度元素和特殊的金屬元素。原子吸收分火焰和石墨爐兩種，主要測量重金屬元素，石墨爐原子吸收測量重金屬元素也可以達到ug/L級別。原子熒光和原子吸收在實驗室里沒有ICPMS的情況下作為互補，可以測量大部分金屬元素和過度元素。具體誰更有*性，檢測限更低要根據具體的元素來定。
原子熒光和原子吸收的區別！
1、光路不同：原子吸收光源、原子化器和檢測器在一條光路上；原子熒光為垂直光路。
2、原理不同：原子吸收利用原子的特征吸收光譜；原子熒光則利用原子的激發-躍遷光譜（熒光）。
3、靈敏度不同：對于原子吸收，增加光源強度同時會增加背景吸收，而原子熒光信號強度與激發光源強度成正比，故靈敏度可以極大提高。
原子熒光是原子蒸汽受具有特征波長的光源照射后，其中一些自由原子被激發躍遷到較高能態，然后去活化回到某一較低能態（常常是基態）而發射出特征光譜的物理現象。當激發輻射的波長與產生的熒光波長相同時，稱為共振熒光，它是原子熒光分析中zui主要的分析線。另外還有直線躍遷熒光，階躍線熒光，敏化熒光，階躍激發熒光等，各種元素都有其特定的原子熒光光譜，根據原子熒光強度的高低可測得試樣中待測元素含量。這就是原子熒光光譜分析。
從其用途上說原子熒光檢測的項目具有局限性，現只能檢測砷、汞等十一種元素。原子吸收的檢測面比較廣。
我們的實驗室里，得原子熒光至今只檢測砷和汞兩種元素。其余的重金屬用原子吸收或石墨爐。這個是原子熒光的zui大缺陷。它只能檢測在常溫下能夠生成氣態氫化物的、能夠發射熒光的元素，所以測定元素有限，但是湊巧的是，那些元素很重要，用原子吸收來檢測很費勁，所以就有了推廣的價值。原子吸收屬于吸收光譜，原子熒光雖然儀器結構上與原子吸收相似但是原子熒光屬于發射光譜，只是屬于光致發光，這就是原理上的區別
相同點，都是吸收
不同點，原子熒光是通過測量待測元素的原子蒸氣在輻射能激發下產生的熒光發射強度，來確定待測元素含量的方法。原子吸收是通過原子蒸汽對空心陰極燈發射的特征輻射進行選擇性吸收來確定待測元素含量的方法。
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